A fa so acide propionique (PPA), mbeni yorö so ayeke tiri na a-fongique nga so azo mingi ayeke mû ni na yâ ti kobe ti ala, ayeke sara si asusu so ayeke na yâ ti li ti ala ayeke maï nzoni pëpe, na a yeke sara si yâ ti ala ayeke sara kua nzoni pëpe, ye so alingbi ti si ndali ti so yâ ti ala ayeke sara kua nzoni pëpe. A fa so mbeni kamba ayeke na popo ti ziango PPA na yâ ti kobe nga na dysbiose ti microbiota ti yâ ti zo, me a gi nda ti ye na ndo ni pëpe. Na ndo so, a gi nda ti achangement so aga na lege ti PPA na yâ ti microbiota ti yâ ti zo so alingbi ti sara si zo awara dysbiose. A leke a-microbiome ti yâ ti asusu so a mû na ala kobe so a sara kua na ni pëpe (n=9) nga na kobe so a sara ni na PPA (n=13) na lege ti mbeni sequencement métagénomique so ayo mingi ti bâ kangbi so ayeke na popo ti aye so ayeke na yâ ti a-microbe nga na alege so a-bactérie ayeke sara kua na ni. A yeke wara na yâ ti PPA ti tengo ni mbeni guengo na li ni ti wungo ti akota taxa, so na popo ni a yeke wara gbâ ti anyama so a iri ni Bacteroides, Prevotella, na Ruminococcus, so amembre ti ala ayeke sara kua kozo awe na yâ ti lekengo PPA. A-microbiome ti asusu so a mû na ala PPA ayeke nga na alege mingi so andu salango kusala na a-lipide nga na biosynthèse ti a-hormone stéroïde. Ye so e wara afa so PPA alingbi ti changé microbiota ti yâ ti zo nga na alege so lo yeke sara kua na ni. Achangement so azo abâ so afa so aye so a bata ni nzoni ti te alingbi ti sara ngangu na ndo ti aye so ayeke na yâ ti microbiota ti yâ ti zo nga, na pekoni, na ndo ti seni ti zo.
Azo ayeke tene fani mingi microbiome ti zo “ndangba mbage ti tere ti zo” na a yeke sara kota kua na yâ ti seni ti zo (Baquero na Nombela, 2012). Mingi ni, a hinga microbiome ti yâ ti zo ndali ti ngangu so lo yeke sara na ndo ti aye kue nga lo yeke sara akua mingi so ayeke kota ye mingi. Akete nyama so ayeke te ye ayeke mingi na yâ ti fufu ti zo, ala yeke mû ando mingi na yâ ti écologie, ala yeke sara kua na akobe so ayeke mû ngangu na zo nga ala yeke tiri na akobela so alingbi ti sara si zo awara kobela (Jandhyala et al., 2015). Akete kete ye nde nde so ayeke na yâ ti microbiota ti yâ ti zo alingbi ti sara si kobe ti tengo ni aga nzoni tongana a-vitamine nga ti sara si kobe ni aga nzoni (Rowland et al., 2018). A fa nga so a-métabolite ti bactérie ayeke sara ngangu na ndo ti maïngo ti terê ti zo nga ayeke sara si a-organisme ti terê ti zo ayeke sara kua nzoni ( Heijtz na amba ti lo, 2011; Yu na amba ti lo, 2022 ). A yeke wara na yâ ti microbiome ti yâ ti zo aye nde nde mingi na a zia bê na ndo ti aye so ayeke na yâ ti génétique nga na ndo so zo ayeke dä tongana kobe, koli wala wali, akode ti kaïngo kobela nga na dutingo ti seni ti lo (Kumbhare et al., 2019).
Kobe ti mama ayeke mbeni kota mbage ti maïngo ti molenge so ayeke na yâ ti mama ti lo nga na mbeni ye so a tene a yeke wara na yâ ni ambeni ye so alingbi ti sara ngangu na ndo ti maïngo ti lo (Bazer et al., 2004; Innis, 2014). Mbeni oko ti mara ti aye tongaso so agbu bê ti zo ayeke acide propionique (PPA), mbeni ye so ayeke na yâ ti acide gras so ayeke na kete chaîne so a wara ni na lege ti fermentation ti asioni nyama nga na mbeni ye so a zia na yâ ti kobe (den Besten et al., 2013). PPA ayeke na ngangu ti tiri na asioni nyama nga na asioni nyama na tongaso a yeke sala kusala na ni tongana mbeni ye ti batango kobe nga na yâ akusala ti akota ndokua ti kanga lege na akota nyama ti ngonda nga na akota nyama ti ngonda (Wemmenhove et al., 2016). PPA ayeke sara ye nde nde na yâ ti anyama nde nde. Na yâ ti foie, PPA ayeke sara si a-cytokine so ayeke na yâ ti a-macrophage abâ gigi (Kawasoe et al., 2022). A bâ nga so ngangu ti lekengo ye so ayeke na yâ ti ambeni cellule so ayeke bata terê ti zo, na a sara si a yeke sara si a yeke ngangu ti tene zo abâ pasi ( Haase et al., 2021 ). Ye oko, a bâ so ye ni ayeke nde na yâ ti cerveau. Azo so asara étude kozo afa so ti mû PPA ayeke sara si zo ayeke sara ye tongana ti azo so ayeke na kobela ti autisme (El-Ansary et al., 2012). Ambeni gingo nda ti ye afa so PPA alingbi ti sara si gliose abâ gigi nga ti sara si alege so ayeke sara si zo abâ pasi na yâ ti cerveau (Abdelli et al., 2019). Teti so PPA ayeke mbeni acide so awoko, lo lingbi ti mû ndo na lege ti épithélium ti yâ ti zo ti lï na yâ ti mênë na tongaso ti hon na ndo ti akanga lege so andu mênë-cerveau nga na placenta (Stinson et al., 2019), so afa nene ti PPA tongana mbeni ye so ayeke leke yâ ti aye so asioni nyama ayeke sara. Atâa so a yeke gi fadeso ti hinga ngangu so PPA alingbi ti sara tongana mbeni ye so ayeke sara si zo awara kobela ti autisme, ngangu so lo yeke sara na ndo ti azo so ayeke na kobela ti autisme alingbi ti hon gi ti sara si a-organe ti li ti zo abâ gigi.
Azo so ayeke na kobela ti li nga na kobela ti li ayeke wara ka akobela ti yâ ti ala (Cao et al., 2021). Azo so asara étude kozo afa so microbiome ti azo so ayeke na kobela ti autisme (ASD) ayeke nde na ti azo so ayeke na nzoni seni, ye so afa so dysbiose ti microbiota ti yâ ti zo ayeke dä (Finegold et al., 2010). Legeoko nga, asarango ye ti microbiome ti azo so ayeke na kobela ti fufu, so ayeke na kobela ti fufu, so ayeke na kobela ti Alzheimer, na ambeni ye nde ayeke nga nde na ti azo so ayeke na nzoni seni (Turnbaugh na amba ti lo, 2009; Vogt na amba ti lo, 2017; Henke na amba ti lo, 2019). Me, juska laso, a wara pëpe mbeni songo so ayeke na popo ti microbiome ti yâ ti zo na akobela wala afä ti li (Yap et al., 2021), atâa so a pensé so mara ti asioni nyama mingi ayeke sara kua na yâ ti ambeni ye so ayeke si na yâ ti tere ti zo. Na tapande, akeke ti Akkermansia, ti Bactéroides, ti Clostridium, ti Lactobacillus, ti Desulfovibrio nga na ambeni mara nde ayeke mingi na yâ ti akete kete ye so ayeke na yâ ti anyama so ayeke na kobela ti autisme (Tomova na amba ti lo, 2015; Golubeva na amba ti lo, 2017; Cristiano na amba ti lo, 2018; Zurita20 na amba ti lo, 2015; Zurita20). Na lege ti ndara, a hinga so mara ti amembre ti ambeni mara so ayeke na a-gene so ague oko na lekengo PPA (Reichardt na amba ti lo, 2014; Yun na Lee, 2016; Zhang na amba ti lo, 2019; Baur na Dürre, 2023). Na bango ngangu ti PPA so ayeke tiri na akobela, ti kono wungo ti lo alingbi ti duti nzoni teti maïngo ti akete nyama so ayeke sala PPA (Jacobson et al., 2018). Tongaso, mbeni ndo so PFA ayeke dä mingi alingbi ti sara si achangement asi na yâ ti microbiota ti yâ ti zo, so na popo ni a yeke wara asioni ye so ayeke sara si zo awara kobela ti yâ ti lo, so alingbi ti duti aye so alingbi ti sara si lo wara akobela ti yâ ti lo.
Mbeni kota hundango tënë na yâ gingo nda ti ye na ndo microbiome ayeke wala kangbi so ayeke na popo ti akete kete ye ayeke mbeni ye so ayeke na gunda wala mbeni fä ti akobela so ayeke na gunda ti kobela ni. Kozo ye so a lingbi a sara ti fa nda ti kpengba songo so ayeke na popo ti kobe, microbiome ti yâ ti zo nga na akobela ti li ayeke ti bâ ngangu so kobe ayeke sara na ndo ti aye so ayeke na yâ ti microbe. Ti sala tongaso, a sala kusala na mbeni seqüencing métagénomique so a diko ni aninga ti haka na akete microbiome ti yâ ti amolenge ti asusu so a mû na ala kobe so ayeke na PPA mingi wala so ayeke na PPA mingi pëpe. A yeke mû na amolenge ni kobe so amama ti ala ayeke te. A yeke na lege ni ti tene so mbeni kobe so ayeke na PPA ayeke sara si achangement asi na yâ ti a-intestin nga na alege so a-microbe ayeke sara kua na ni, mbilimbili ala so andu sarango kua ti PPA nga/wala sarango si PPA abâ gigi.
Na yâ ti étude so, a sara kua na asusu so a sara ni na FVB/N-Tg(GFAP-GFP)14Mes/J (Jackson Laboratories) so ayeke sara kua mingi na protéine fluorescente verte (GFP) so ayeke na gbe ti komandema ti mbeni zo so ayeke sara si GFAP so ayeke na yâ ti glia ni aga nzoni na lege ti awango ti Université ti Floride ti Mbongo so ayeke bâ lege ti anyama nga na sarango kua na ni. PROTO 20200002). Na peko ti so a zi ngo na ala, a zia asusu oko oko na yâ ti akete cage so na yâ ti cage oko oko asusu 1–5 ti koli na wali oko oko ayeke dä. A mû na asusu ad libitum mbeni kobe so a sukula ni awe (kobe so a leke ni awe, so mafuta ayeke na yâ ni 16 kcal%) wala mbeni kobe so a zia na yâ ni propionate ti sodium (kobe so a leke ni awe, so mafuta ni ayeke 16 kcal%, so ayeke na 5 000 ppm ti sodium propionate). Wungo ti propionate ti sodium so a sala kusala na ni alingbi na 5 000 mg ti PFA/kg ti kilo ti kobe kue. A yeke kota wungo ti PPA so a yeda na ni ti tene a sara kua na ni tongana mbeni ye ti batango na kobe. Ti leke tele teti mandango ye so, a mû na asusu so ayeke ababâ na mama kobe use so kue teti ayenga 4 kozoni si ala bungbi na ala ngbâ ti sala ni na yâ ti ngoi kue so barrage ni ayeke na ngo. A zi amolenge ti asusu [asusu 22, asusu 9 so a bâ ala (akoli 6, awali 3) nga na PPA 13 (akoli 4, awali 9)] na pekoni a ngbâ ti te oko kobe so abara ni ayeke te teti nze 5. A mû amolenge ti asusu na sandaga na ngoi so ala yeke na nze 5 na a bungbi aye so ayeke na yâ ti fufu ti ala na a bata ni kozoni na yâ ti a-tube ti microcentrifuge ti 1,5 ml na -20°C na pekoni a zia ni na yâ ti mbeni congélateur so ayeke na -80°C juska ADN ti zo so ayamba ala ahunzi na a zi acide nucléique ti microbe.
A zi ADN ti azo so ayamba ala na lege ti mbeni protocole so a changé ni (Charalampous na amba ti lo, 2019). Na nduru tënë, a mû asioni ye so ayeke na yâ ti ngu ti InhibitEX (Qiagen, Cat#/ID: 19593) na a bata ni na yâ ti glace. A yeke sara kua na a-pellet ti fecal 1-2 na yâ ti mbeni extraction oko oko. Na pekoni, a sala si aye so ayeke na yâ ti fufu ni aga oko na lege ti masini na salango kusala na mbeni ngbongboro plastique so ayeke na yâ ti tube ni ti sala si a ga mbeni bongo. Centrifuge a-échantillon ni na 10 000 RCF teti penze-ngbonga 5 wala juska a-échantillon ni aga pellet, na pekoni a aspiré ngu so ayeke na ndo ni na a kiri a zia pellet ni na yâ ti 250 μl 1× PBS. A zia 250 μl ti solution ti saponine 4,4% (TCI, numéro ti produit S0019) na yâ ti échantillon ni tongana mbeni ye ti sukulango na ngu ti zi yâ ti a-eucaryote. A mélangé a-échantillon ni yeke yeke juska a ga vuru na a zia ni na yâ ti chambre teti penze-ngbonga 10. Na pekoni, ti buba yâ ti acellule ti eucaryote, a zia ngu so ayeke na nucléase pëpe 350 μl na yâ ti échantillon ni, a zia ni na yâ ti 30 s, na pekoni a zia na yâ ni 12 μl ti NaCl 5 M. Na pekoni, a mû a-échantillon ni na centrifuge na 6000 RCF teti penze-ngbonga 5. A yeke nzoni a zia ngu na yâ ti 100 μl ti PBS 1X. Ti zi ADN ti zo so ayeke mû ndo, a lingbi a zia na yâ ni 100 μl ti tampon HL-SAN (12,8568 g ti NaCl, 4 ml ti MgCl2 1M, 36 ml ti ngu so ayeke na nucléase pëpe) nga na 10 μl ti enzyme HL-SAN (ArticZymes P/N 70910-202). A bungbi a-échantillon ni nzoni na lege ti pipette na a zia ni na yâ ti 37 °C teti penze-ngbonga 30 na 800 rpm na ndo ti mbeni ThermoMixer C ti EppendorfTM. Na pekoni, a kiri a zia pellet ni na yâ ti 100 μl ti 1X PBS.
A zi ADN ti asioni nyama kue na lege ti Kit ti sukulango ADN ti génome ti Nouvelle-Angleterre Biolabs Monarch (Nouvelle-Angleterre Biolabs, Ipswich, MA, Cat# T3010L). A changé kete kode ti sarango kua na ni so a mû na kit ni. A yeke nzoni a bata ngu so ayeke na nucléase pëpe na 60°C kozoni si a sala kusala na ni teti ndangba élution. A yeke wara na yâ ti échantillon oko oko 10 μl ti Protéinase K nga na 3 μl ti RNase A. Na pekoni, mo zia 100 μl ti Tampon ti Lyse ti acellule na mo mélangé ni yeke yeke. Na pekoni, a zia ambeni ye na yâ ti mbeni masini ti EppendorfTM ThermoMixer C na 56°C nga na 1400 rpm teti kamême ngbonga 1 ti si na ngbonga ota. A zia na yâ ti a-échantillon so a zia na yâ ti ngu 12 000 RCF teti penze-ngbonga 3 na a mû ngu so alondo na yâ ti a-échantillon oko oko ti zia na yâ ti mbeni tube ti microcentrifuge so ayeke nde so wungo ni ayeke 1,5 mL so na yâ ni a yeke wara 400 μL ti solution ti bungbingo ye. Na pekoni, a yeke sara si a-tube ni ayeke vortex teti seconde 5–10 na popo ti seconde 1. Zia ngu kue so ayeke na yâ ti échantillon oko oko (ndulu na 600–700 μL) na yâ ti mbeni cartouche ti filtre so a zia na yâ ti mbeni tube ti bungbingo ngu so ayeke sua. A zia na yâ ti a-tube ni 1 000 RCF teti penze-ngbonga 3 ti mû lege na kozo bungbingo ti ADN na pekoni a zia na yâ ti 12 000 RCF teti penze-ngbonga 1 ti zi tanga ti ngu ni. A mû colonne ti échantillon ni na yâ ti mbeni fini tube ti bungbingo ngu na pekoni a sukula ni fani use. Ti kozo sukulango ngu ni, a zia 500 μL ti tampon ti sukulango ngu na yâ ti tube oko oko. A yeke nzoni e sara kua na 12 000 RCF teti penze-ngbonga 1. Zia ngu so ayeke na yâ ti tube ti bungbingo ngu ni na kiri mo zia cartouche ti filtre ni na yâ ti oko tube ti bungbingo ngu ni. Ti use sukulango ngu ni, a zia 500 μL ti tampon ti sukulango ngu na yâ ti filtre ni sân ti tene a kiri na ni na place ni. A mû a-échantillon ni na centrifuge na RCF 12 000 teti penze-ngbonga 1. Zia filtre ni na yâ ti mbeni tube ti LoBind® so wungo ni ayeke 1,5 mL na zia na yâ ni 100 μL ti ngu so a sara ni kozo awe so ayeke na nucléase pëpe. A zia afiltre na yâ ti chambre teti penze-ngbonga 1 na pekoni a zia na yâ ti centrifuge na 12 000 RCF teti penze-ngbonga 1. A bata ADN so a élué ni na -80°C.
A mû wungo ti ADN ni na lege ti mbeni fluoromètre QubitTM 4.0. A leke ADN ni na lege ti Kit ti kota sensitivité ti QubitTM 1X dsDNA (Cat. No. Q33231) alingbi na awango ti azo so asara ni. A mû mbeni masini so a iri ni AglientTM 4150 wala 4200 ti mû mesure ti kangbingo yâ ti ambage ti ADN. A leke ADN na lege ti aréactif ti ADN génomique ti AgilentTM (No. 5067-5366) nga na mbeni bande ti bango na lege ti ADN (No. 5067-5365). A leke bibliothèque ni na lege ti mbeni ye so a iri ni SQK-RPB004 (SQK-RPB004) so ​​a iri ni Oxford Nanopore TechnologiesTM (ONT) alingbi na afango lege ti azo so asara ni. A leke ADN na lege ti mbeni masini ti ONT GridIONTM Mk1 so ayeke na mbeni cellule ti flux Min106D (R 9.4.1). A-paramètre ti séquencement ni ayeke: iri ti base so ayeke na kota mbilimbili, ngere ti q so ayeke kete mingi ayeke 9, lekengo code barre nga na lekengo code barre. A mû ambeni échantillon na yâ ti molongo teti angbonga 72, na pekoni a tokua asango ti base call ti tene a kiri a sara kua na ni nga ti bâ ni nzoni.
A yeke sara kua na akode so a fa ni kozo awe (Greenman na amba ti lo, 2024). A kangbi yâ ti afichier ti FASTQ so a wara na lege ti séquençage na yâ ti arépertoire ndali ti échantillon oko oko. Kozoni si a sara analyse ti bioinformatique, a sara kua na asango so na lege ti pipeline so: kozoni, a bungbi afichier ti FASTQ ti a-échantillon ni na yâ ti mbeni fichier ti FASTQ oko. Na pekoni, a diko ambeti so ayeke nduru na 1000 bp na lege ti Filtlong v. 1.41.3 so ayeke na aparamètre so: –fastq –plots dot –N50 -o .(Dé Coster na azo ti lekengo ye, ngu 2023). A leke adikongo mbeti ni na lege ti génome ti référence ti ngbo GRCm39 (GCF_000001635.27) na salango kusala na minimap2 v.(Lee, ngu 2018). A leke afichier ti alignement so a sara ni na format ti BAM na lege ti bango ndo ti samtools -b (Danecek na amba ti lo, 2021) na yâ ti samtools v. Na pekoni, a hinga adikongo ye so ayeke na lege ni pëpe na lege ti samtools view -b -f 4, so afa so adikongo ye so ayeke pëpe ti génome ti zo so ayamba ala. A kiri a leke a-étude so a leke ni pëpe ti kiri na ni na format FASTQ na lege ti samtools bam2fq so ayeke na aparamètre so a leke ni kozo awe. NanoPlot a kiri a sala kusala na ndo ambeni dikongo ye so a filtré ni na salango kusala na a-paramètre so a fa ni kozoni awe. Na peko ti so a sara filtre na ndo ni, a bungbi asango ti métagénome na lege ti métaflye v.–méta (Kolmogorov na amba ti lo, 2020). Zia tanga ti aparamètre ni na place ti ala. Na peko ti so a bungbi ni awe, a sara carte ti adikongo ye so a filtré ni na lege ti minimap2, na a sara kua na paramètre -ax map-ont ti sara si a leke mbeni fichier ti alignement na format SAM. A leke bungbi ni kozoni na salango kusala na racon v. 1.4.20 na aparamètre so: -m 8 -x -6 -g -8 -w 500 -u ( Vaser na amba ti lo, 2017 ). Na peko ti so a hunzi ti sara racon awe, a kiri a leke ni nzoni na lege ti medaka v. 1.7.2, na salango kusala na medaka_consesus, na a zia aparamètre kue gi paramètre -m na ndo ti akota ngele ti ala. A zia paramètre -m na r941_min_hac_g507 ti fa na gigi chimie ti acellule ti courant nga na iringo ndo ti base so ayeke na kota mbilimbili so a sala kusala na ni teti asango ti e (nanoporetech/medaka, 2024). A mû asango so a filtré ni (so a iri ni na pekoni asango ti microbe) nga na ndangba bungbi so a sukula ni ti tene a bâ ni na pekoni.
Ti kangbi yâ ti aye na lege ti taxonomie, a diko na a bungbi a-contig na lege ti Kraken2 v. 2.1.2 ( Wood na amba ti lo, 2019 ). A leke arapport nga na afichier ti sigingo na ni ndali ti adikongo ye nga na abungbi, na lege ti mbaï. Lo sara kua na –use-names ti bâ yâ ti adikongo ye nga na abungbi. A yeke fa a-option ti –gzip-comprimé na –paired ndali ti ambage so a diko ni. A yeke wara na yâ ti a-étude ni gbâ ti a-taxon so ayeke na yâ ti a-métagénome so a sara kua na Bracken v. 2.8 ( Lu et al., 2017 ). A leke kozoni mbeni base ti kmer so ayeke na a-base 1000 na lege ti bracken-build na a-paramètre so: -d .-k 35 -l 1000 Na peko ti so a leke ni awe, bracken ayeke sara kua na lege ti rapport so kraken2 asara na lo yeke filtré asango ni na lege ti a-option so: -d . -I -O-lê 1000

Na popo ti ala, a soro P, G wala S alingbi na nivo ti kangbingo yâ ti aye so a yeke gi nda ni. Ti tene a sara si a yeke ngangu pëpe ti tene a kangbi yâ ti azo na lege ti mvene, a mû mbeni kete wungo ti azo so ayeke na 1e-4 (1/10 000 ti azo so adiko ni). Kozoni si a sara kua na a-étude ti statistique, a sara kua na a-abundance so Bracken (fraction_total_reads) afa ni na lege ti mbeni ye so a iri ni CLR (Aitchison, 1982). A soro kode ti CLR ti gbiango asango ndali ti so a yeke na échelle so ayeke changé pëpe nga alingbi na abungbi ti asango so ayeke mingi pëpe (Gloor et al., 2017). CLR ayeke sara kua na logarithme ti nature. Azo ti dikongo wungo ti azo so Bracken afa tënë ni, a leke ni na lege ti fä ti ngbongboro mbeti (RLE) (Anders na Huber, 2010). A leke a-image ni na lege ti mbeni bungbi ti matplotlib v. 3.7.1, seaborn v. 3.7.2 nga na a-logarithme so ayeke na lege ni (Gloor na amba ti lo, 2017). 0,12,2 na a-stantanotations v. 0,5,0 (Hunter, 2007; Waskom, 2021; Charlier na amba ti lo, 2022). A yeke wara na yâ ti a-échantillon oko oko wungo ti a-bactérie so a leke ni nzoni. A yeke zia akota wungo so a fa na yâ ti atableau ni na place ti décimal 4. A yeke wara na yâ ti ambeti ti e ambeni ye so a iri ni alpha_diversity.py so a mû na yâ ti mbeti ti KrakenTools v. A mû rapport ti Bracken na yâ ti mbeti ni na index ti Simpson “Si” so a mû ni ndali ti paramètre -an. Akota kangbi so ayeke na yâ ti wungo ti azo ni ayeke moyenne ti CLR ≥ 1 wala ≤ -1. Mbeni moyenne ti CLR so ayeke ±1 afa so wungo ti azo so ayeke na yâ ti mbeni mara ti échantillon ague na li ni fani 2,7. Signe (+/-) afa wala taxon ni ayeke mingi na yâ ti échantillon ti PPA nga na échantillon ti contrôle, na lege ti mbaï. A fa kota ti ye ni na lege ti test ti Mann-Whitney U (Virtanen na amba ti lo, 2020). A sala kusala na a-étude ti Statsmodels v. A leke mbeni p-value ≤ 0,05 tongana threshold ti hinga na kota ti statistique.
A sara kua na mbeni version so a changé ni na yâ ti protocole so Maranga na amba ti lo afa ni. (Maranga na amba ti lo, ngu 2023). Kozoni, a zi a-contig so ayeke nduru na bp 500 na yâ ti abungbi kue na lege ti SeqKit v. 2.5.1 (Shen na amba ti lo, 2016). Na pekoni, a bungbi abungbi so a soro ni ti ga mbeni pan-métagénome. A leke a-encadrement ti dikongo mbeti so a zi ni (ORF) na lege ti Prodigal v. 1.0.1 (mbeni version so ayeke parallèle na Prodigal v. 2.6.3) so ayeke na aparamètre so: -d .-f gff-i -O-T 24 -p méta -C 10000 (Hyett na amba ti lo, 2012; Jaenicke, 2024). Na pekoni, a sara kua na Python ti zi na yâ ti afichier ti nucléotide so aga na pekoni agene kue so alingbi kue pëpe. Na pekoni, a sara kua na CD-HIT v. 4.8.1 ti bungbi agene so ayeke na aparamètre so: cd-hit-est -i . -O-c 0,95 -s 0,85 -aS 0,9 -n 10 -d 256 -M 350000 -T 24 -l 100 -g 1 (Fu na amba ti lo, 2012). A sala kusala na catalogue ti agene so ayeke redondant pëpe so a leke ni ti hinga wungo ti agene nga na atënë ti yâ ni. A yeke wara na yâ ti mbeti ni KMA v. 1.4.9 (Clausen na amba ti lo, 2018). Kozoni, leke mbeni fichier ti index na lege ti index ti KMA na aparamètre so: -i . -ONa pekoni, na salango kusala na index so a sala legeoko na adikongo ye ti microbe teti échantillon oko oko tongana ti so a fa na yâ mbage ti Bioinformatique Pipeline, a sala kusala na KMA na aparamètre so: -i . -O-t_dbNa pekoni, a leke wungo ti agene na lege ti CLR, na a sala kusala na klase ti gingo nda ti akota ye (PCA) ti mandango ye ti Sci-kit (Pedregosa na amba ti lo, 2011). A sara kua na script ti emapper.py ti eggNOG v.– Catalogue ti asango .–go_preuve A yeke électronique pëpe – sortie– Répertoire ti sigingo na ni .–a-orthologue_ti_cible kue –a-orthologue_ti_semen_évaluation 0,001 –point_a-orthologue_ti_semen 60 –couverture_ti_hundango ye 20 –couverture_ti_sujet 0 –traduire –surride –temp_dir(Cantalapiedra na amba ti lo, 2021). A yeke na lege ni ti tene e sara kua na a-résultat ti KMA ti soro agene so ayeke na akota couverture ti modèle nga na identité ti modèle (≥ 90%) nga na gbâ ti aye (profondeur ≥ 3). A leke arésultat ti KMA na lege ti CLR tongana ti so a fa na nduzu ge. Na pekoni, a haka arésultat ti KMA na a-ID ti contig so alondo na yâ ti annotation ti kua nga na arésultat ti classification so a sara kua na source ti contig ti gene oko oko. Tongana ti so a yeke si ka na a-taxon, a fa nda ti akota kangbi so ayeke na yâ ti wungo ti agene tongana agene so ayeke na mbeni moyenne ti kangbi ti CLR ≥ 1 wala ≤ -1, na mbeni fä (+/-) so afa so agene ni ayeke mingi na yâ ti a-échantillon ti PPA wala ti bango ndo na ndo ni, na lege ti mbaï.
A bungbi kozoni agene alingbi na a-identifiant ti ortholog (KO) ti Encyclopédie ti Kyoto (KEGG) so eggNOG amû ti haka na wungo ti alege ti agene. A zi agene so ayeke na a-knockout pëpe wala agene so ayeke na a-knockout mingi kozoni si a gi nda ti ye. Na pekoni, a diko wungo ti KO oko oko na yâ ti échantillon oko oko na a sara mbeni analyse ti statistique. A fa nda ti agene ti PPA tongana agene kue so a mû na lo mbeni molongo ko00640 na yâ ti colonne ti KEGG_Pathway, so afa mbeni kusala na yâ ti sarango ye ti propionate alingbi na KEGG. A yeke wara na yâ ti Tableau 1 ti mungo maboko (Reichardt na amba ti lo, 2014; Yang na amba ti lo, 2017). A sala a-épreuve ti permutation ti hinga na lege wa PPA ayeke sala kusala na agene so ayeke sala kusala na ni so ayeke mingi mingi na yâ mara ti échantillon oko oko. A sala a-permutation saki oko teti gene oko oko so a gi nda ni. A sala kusala na p-value ti 0,05 tongana mbeni ye ti fango na lege ti statistique. A mû annotation ti kusala na agene oko oko na yâ ti mbeni groupe so aluti na ndo ti annotation ti agene so ayeke représentant na yâ ti groupe ni. A lingbi ti hinga a-taxa so ague oko na métabolisme ti PPA nga/wala lekengo PPA na lege ti ziango a-ID ti contig na yâ ti afichier ti sigingo ti Kraken2 na oko ID ti contig so a bata ni na ngoi ti annotation ti kusala na lege ti eggNOG. A sala kusala na tara ti hingango ye na lege ti tara ti Mann-Whitney U so a sala tënë ni kozoni awe. A leke yâ ti atara mingi na lege ti kode ti Benjamini-Hochberg. A mû p-value ti ≤ 0,05 ti hinga na kota ti statistique.
A bâ mara ti microbiome ti yâ ti asusu nde nde na lege ti index ti Simpson so ayeke na mara ti aye nde nde. A yeke wara nga mbeni kota kangbi na popo ti a-échantillon ti bango ndo na ti PPA na ndo ti mara ti anyama nga na mara ti anyama nde nde (p-valeur ti mara ni: 0,18, p-valeur ti mara ni: 0,16) (Foto 1). Na pekoni, a haka aye so ayeke na yâ ti a-microbe na lege ti mbeni ye so a iri ni analyse principale des composants (PCA). Figure 2 afa bungbingo ti a-échantillon na lege ti a-phyla ti ala, so afa so kangbi ayeke na popo ti mara ti a-microbiome so ayeke na popo ti a-échantillon ti PPA na ti bango ndo. Abungbingo ye so ayeke lani mingi pëpe na ndo ti genre ni, ye so afa so PPA ayeke sara ngangu na ndo ti ambeni bactérie (Fig. 1 ti supplément).
Alpha so ayeke na yâ ti a-genera nga na a-espèce so ayeke na yâ ti microbiome ti yâ ti ngbo. A-image ti boîte so afa a-indice ti diversité ti Simpson ti a-genera (A) nga na ti a-espèce (B) na yâ ti a-échantillon ti PPA nga na ti bango ndo. A fa nene ti ye ni na lege ti test ti Mann-Whitney U, na a leke yâ ti aye mingi na lege ti kode ti Benjamini-Hochberg. ns, p-valeur ni ayeke kota pëpe (p>0,05).
A yeke wara na yâ ti akota mbage ti microbiome ti yâ ti ngbo ni aye so asi na yâ ti mara ti nyama ni. Akota mbage ti analyse ni afa kangbingo yâ ti a-échantillon na yâ ti akozo kota mbage use ti ala. Acolore afa mara ti échantillon ni: asusu so a mû na ala PPA ayeke violet na asusu so abâ lege ti ala ayeke jaune. A fa akota mbage 1 na 2 na ndo ti axe x na axe y, na a fa ni tongana ratio ti variance so a fa nda ni.
Na lege ti asango ti dikongo wungo ti azo so a gbian ni na lege ti RLE, a bâ so wungo ti Bacteroidetes/Bacilli so ayeke na popo ti asusu so a mû na ala PPA adë mingi (azo so abâ lege ti ala: 9,66, PPA: 3,02; p-valeur = 0,0011). Kangbi so ayeke ngbanga ti so wungo ti Bacteroidetes ayeke mingi na yâ ti asusu ti PPA tongana a haka ni na azo so a mû na ala yorö, atâa so kangbi ni ayeke kota pëpe (CLR ti azo so a mû na ala: 5,51, CLR ti PPA: 6,62; p-valeur = 0,054), na ngoi so wungo ti aBacteroidetes ayeke legeoko (CLR ti azo so a mû na ala CLR7an, PLR6PA:7.7. p-valeur ni ayeke 0,18).
Na ngoi so a gi nda ti wungo ti amembre ti taxonomie ti microbiome ti yâ ti nyama, a bâ so phylum 1 na anyama 77 ayeke nde mingi na popo ti PPA na a-échantillon ti bango ndo (Tableau 2 ti mungo maboko). A yeke wara gbâ ti anyama 59 na yâ ti a-échantillon ti PPA so ayeke kota mingi ahon ti so a mû na yâ ti a-échantillon ti bango ndo, na wungo ti anyama 16 so ayeke gi na yâ ti a-échantillon ti bango ndo ayeke mingi ahon ti so a mû na yâ ti a-échantillon ti PPA (Foto 3).
Différentiel ti wungo ti a-taxa na yâ ti microbiome ti yâ ti PPA nga na ti asusu ti bango ndo. A-image ti volcan afa kangbi so ayeke na popo ti wungo ti a-genera (A) wala a-espèce (B) so ayeke na popo ti PPA na a-échantillon ti bango ndo. Akete kete ye so ayeke gris afa so mbeni kota kangbi ayeke dä pëpe na popo ti wungo ti a-taxa. Akete kete ye so ayeke na couleur afa so akota kangbi ayeke na popo ti wungo ti azo (p-valeur ≤ 0,05). Akota taxa 20 so ayeke na akota kangbi na popo ti mara ti a-échantillon ni afa ni na couleur rouge nga na bleu clair (échantillon ti bango ndo na ti PPA), na lege ti mbaï. Akete kete ye so ayeke jaune na so ayeke violet ayeke kamême fani 2,7 mingi na yâ ti a-échantillon ti bango ndo wala ti PPA ahon ti so a mû na yâ ti a-échantillon ti bango ndo. A-point noir afa a-taxon so ayeke na gbâ ti aye so ayeke nde mingi, na a yeke wara akota kangbi na popo ti -1 na 1. A diko wungo ti P na lege ti test ti Mann-Whitney U na a leke ni ti tene a sara a-épreuve mingi na lege ti kode ti Benjamini-Hochberg. Bold mean CLR différence afa akota kangbi so ayeke na popo ti wungo ti aye.
Na peko ti so e bâ yâ ti akete kete ye so ayeke na yâ ti fufu ti zo, e sara mbeni annotation fonctionnelle ti microbiome ni. Na peko ti so a zi yâ ti agene so ayeke nzoni pëpe, a wara agene 378 355 so ayeke nde na yâ ti a-échantillon kue. A yeke wara na yâ ti a-échantillon ni gbâ ti a-échantillon so a sara kua na ni ti sara na a-analyse ti akota mbage (PCA), na ye so asi afa so a yeke ga na gbâ ti a-échantillon so aluti na ndo ti kua ti ala (Foto 4).
PCA asala kusala na profil ti kusala ti microbiome ti yâ ti ngbo. PCA ti PCA afa kangbingo yâ ti a-échantillon na yâ ti akozo kota mbage use ti ala. Acolore afa mara ti échantillon ni: asusu so a mû na ala PPA ayeke violet na asusu so abâ lege ti ala ayeke jaune. A fa akota mbage 1 na 2 na ndo ti axe x na axe y, na a fa ni tongana ratio ti variance so a fa nda ni.
Na pekoni, a bâ wungo ti a-knockout ti KEGG na yâ ti mara ti a-échantillon nde nde. A wara a-unique knockout 3648, so na popo ni a yeke wara 196 so ayeke mingi mingi na yâ ti a-échantillon ti bango ndo na 106 ayeke mingi na yâ ti a-échantillon ti PPA (Foto 5). A wara agene 145 na yâ ti a-échantillon ti bango ndo nga na agene 61 na yâ ti a-échantillon ti PPA, na wungo ti ala ayeke nde mingi. Alege so andu salango kusala na a-lipide nga na aminosucre ayeke lani kota mingi na yâ ti a-échantillon ti PPA (Tableau 3 ti supplément). Alege so andu salango kusala na azote nga na a-système ti relais ti soufre ayeke lani kota mingi na yâ ti a-échantillon ti bango ndo (Tableau 3 ti supplément). A yeke wara na yâ ti a-échantillon ti PPA gbâ ti agene so andu aminosucre/nucléotide (ko:K21279) nga na inositol phosphate (ko:K07291) so ayeke na yâ ti a-échantillon ti PPA (Foto 5). A-échantillon ti bango ndo na ndo ti azo ayeke na gbâ ti agene so andu sarango kua ti benzoate (ko:K22270), sarango kua ti azote (ko:K00368), nga na glycolyse/gluconéogénèse (ko:K00131) ( Tapande 5 ).
Différentiel ti wungo ti KO na yâ ti microbiome ti yâ ti PPA nga na ti asusu ti bango ndo. Plot ti volcan ni afa kangbi so ayeke na popo ti wungo ti abungbi ti kusala (KO). A-point gris afa a-KO so wungo ti ala ayeke nde mingi pëpe na popo ti mara ti a-échantillon (p-valeur > 0,05). Akete kete ye so ayeke na couleur afa so akota kangbi ayeke na popo ti wungo ti azo (p-valeur ≤ 0,05). A fa a-KO 20 so ayeke na akota kangbi na yâ ti wungo ti ala na popo ti mara ti a-échantillon ni na couleur rouge nga na bleu clair, so alingbi na a-échantillon ti bango ndo nga na ti PPA. A-point jaune na violet afa so a-KO ayeke lani kamême fani 2,7 mingi ahon na yâ ti a-échantillon ti bango ndo nga na ti PPA. Akete kete ye afa aKO so ayeke na gbâ ti aye so ayeke nde mingi, na akota kangbi ti CLR ayeke na popo ti -1 na 1. A diko wungo ti P na lege ti test ti Mann-Whitney U na a leke ni ti tene a haka ni fani mingi na lege ti kode ti Benjamini-Hochberg. NaN afa so KO ayeke pëpe ti mbeni lege na yâ ti KEGG. Akota kangbi so ayeke na popo ti CLR afa akota kangbi so ayeke na popo ti wungo ti aye. Ti wara anzene nzene tënë na ndo alege so a-KO so a fa iri ti ala ayeke dä, bâ Tableau 3 ti Supplément.
Na popo ti agene so a sû iri ti ala na ndo ni, agene 1601 ayeke na wungo ti aye so ayeke nde mingi na popo ti mara ti a-échantillon (p ≤ 0,05), na agene oko oko ayeke kamême fani 2,7 mingi ahon ti kozo. Na popo ti agene so, agene 4 ayeke mingi na yâ ti a-échantillon ti bango ndo na agene 1597 ayeke mingi na yâ ti a-échantillon ti PPA. Teti so PPA ayeke na ngangu ti tiri na akobela, a bâ gbâ ti agene so ayeke sara si PPA abâ gigi nga na agene so ayeke sara si a dü ni na popo ti mara ti a-échantillon nde nde. Na popo ti agene 1332 so andu métabolisme ti PPA, agene 27 ayeke mingi mingi na yâ ti a-échantillon ti bango ndo na agene 12 ayeke mingi mingi na yâ ti a-échantillon ti PPA. Na popo ti agene 223 so andu lekengo PPA, gene 1 ayeke mingi mingi na yâ ti a-échantillon ti PPA. 6A afa nga so wungo ti agene so ayeke na yâ ti métabolisme ti PPA ayeke mingi, na wungo ni ayeke mingi na yâ ti a-échantillon ti bango ndo nga na akota ye so ayeke si, na ngoi so 6B afa na gigi agene oko oko so ayeke na gbâ ti agene so a bâ ni na yâ ti a-échantillon ti PPA.
Différentiel ti wungo ti agene so andu PPA na yâ ti microbiome ti yâ ti ngbo. A-image ti volcan afa kangbi so ayeke na popo ti wungo ti agene so ayeke na yâ ti PPA (A) nga na sarango si PPA abâ gigi (B). Akete kete ye so ayeke gris afa agene so wungo ti ala ayeke nde mingi pëpe na popo ti mara ti a-échantillon (p-valeur > 0,05). Akete kete ye so ayeke na couleur afa so akota kangbi ayeke na popo ti wungo ti azo (p-valeur ≤ 0,05). A fa agene 20 so ayeke na akota kangbi na yâ ti wungo ti ala na couleur rouge nga na bleu clair (échantillon ti contrôle na ti PPA), na lege ti mbaï. Wungo ti akete kete ye so ayeke jaune na so ayeke violet ayeke kamême fani 2,7 na yâ ti a-échantillon ti bango ndo nga na ti PPA ahon ti so a mû na yâ ti a-échantillon ti bango ndo. A-point noir afa agene so ayeke na gbâ ti aye so ayeke nde mingi, na a yeke wara akota kangbi na popo ti -1 na 1. A diko wungo ti P na lege ti test ti Mann-Whitney U na a leke ni ti tene a haka ni fani mingi na lege ti kode ti Benjamini-Hochberg. A-gene ague oko na agene so ayeke représenté na yâ ti catalogue ti agene so ayeke redondance pëpe. Iri ti agene ayeke na fä ti KEGG so afa mbeni gene ti KO. Akete kete ye so ayeke na yâ ti CLR afa so wungo ti aye ni ayeke nde mingi. Mbeni trait (-) afa so mbeni fä ti gene ni ayeke na yâ ti base de données ti KEGG pëpe.
A hinga a-taxa so ayeke na a-gene so andu sarango kua na PPA nga/wala sarango kua na ni na lege so a sara si a-identité ti taxonomie ti a-contig ni ague oko na ID ti contig ti gene ni. Na ndo ti agene, a wara a-genera 130 so ayeke na a-gene so andu sarango kua ti PPA na a wara a-genera 61 so ayeke na a-gene so andu sarango si PPA abâ gigi (Tableau 4 ti supplément). Me, mbeni mara oko pëpe afa so akota kangbi ayeke na popo ti wungo ti ala (p > 0,05).
Na ndo ti mara ti anyama, a wara mara ti asioni nyama 144 so ayeke na agene so ayeke sara si PPA ayeke sara kua nzoni nga mara ti anyama 68 so ayeke na agene so ayeke sara si PPA abâ gigi (Tableau 5 ti supplément). Na popo ti azo so ayeke sara kua na PPA, a-bactérie osio afa so wungo ti ala ague na li ni mingi na popo ti mara ti a-échantillon nde nde, na ala kue afa so ala changé mingi na yâ ti ngangu ti ala (Tableau 6 ti supplément). Azo kue so a hinga ala so ayeke sara kua na PPA so ayeke na akota kangbi na yâ ti wungo ti ala ayeke mingi na yâ ti a-échantillon ti PPA. Na lege ti kangbingo yâ ti anyama, a fa so azo so ayeke na yâ ti a-échantillon ni ayeke nde mingi pëpe, so na popo ni a yeke wara gbâ ti a-Bactéroides na a-Ruminococcus, nga na a-Duncania dubois, a-Myxobacterium enterica, a-Monococcus pectinolyticus nga na a-Alcaligenes polymorpha. Na popo ti asioni nyama so ayeke sara si PPA abâ gigi, asioni nyama osio afa so wungo ti ala ayeke nde mingi na popo ti mara ti a-échantillon ni. Anyama so ayeke na akota kangbi na popo ti wungo ti ala ayeke anyama so ayeke na yâ ti ngu, anyama so ayeke na yâ ti ngu, anyama so ayeke na yâ ti ngu, nga na anyama so ayeke na yâ ti ngu.
Na yâ ti étude so, a bâ ye so PPA ayeke sara na ndo ti microbiota ti yâ ti asusu. PPA alingbi ti sara si a-bactérie asara ye nde nde ndali ti so ambeni mara ti nyama la ayeke sara ni, ambeni mara ti nyama la ayeke sara kua na ni tongana kobe wala a yeke sara si a-bactérie ayeke sara kua nzoni pëpe. Tongaso, ziango ni na yâ ti ngbongboro tere ti zo na lege ti mungo kobe na zo alingbi ti sara ye nde nde alingbi na gbungo ngangu ti zo ni, lege so lo yeke gbu li ti lo na ni nga na ngangu so lo yeke na ni ti sara kua na ni tongana mbeni ye so ayeke mû kobe na lo. A lingbi ti zi mara ti asioni nyama so ayeke na ngangu mingi na ti zia na place ni ambeni so ayeke na ngangu mingi ti gbu PPA wala so alingbi ti sala kusala na ni tongana kobe, na ye so ayeke gue na achangement na yâ ti aye so ayeke na yâ ti microbiota ti yâ ti zo. Ye so e wara afa so akota kangbi ayeke na popo ti aye so ayeke na yâ ti akete kete ye me so asara ye oko pëpe na ndo ti mara ti akete kete ye nde nde kue. Akota ye so asi na ndo ti mara ti nyama, na a yeke wara a-taxon ahon 70 so ayeke nde mingi na wungo ti ala na popo ti PPA na a-échantillon ti bango ndo (Tableau 2 ti mungo maboko). Na peko ti so a kiri a bâ yâ ti aye so a mû na PPA, a bâ so mara ti akete kete ye so ayeke na yâ ti ngu ni ayeke nde nde mingi tongana a haka ni na a-échantillon so a mû ni pëpe, ye so afa so PPA alingbi ti sara si a-bactérie akono mingi nga ti kanga lege na wungo ti a-bactérie so alingbi ti ngbâ na fini na yâ ti ando so PPA ayeke dä mingi. Tongaso, PPA alingbi ti soro ti sara si ambeni ye achangé ahon ti tene a sara si a kangbi yâ ti gbâ ti akete kete ye so ayeke na yâ ti fufu ti zo.
A fa kozo awe so akode ti batango kobe tongana PPA ayeke gbian wungo ti aye so ayeke na yâ ti microbiome ti yâ ti zo sân ti tene a sara ngangu na ndo ti mara ti aye nde nde kue (Nagpal et al., 2021). Na ndo so, a bâ kangbi so ayeke kota mingi na popo ti mara ti Bacteroidetes so ayeke na yâ ti phylum ti Bacteroidetes (so a hinga ni kozo na iri ti Bacteroidetes), so ayeke na mosoro mingi na yâ ti asusu so a mû na ala PPA. Ti wara gbâ ti mara ti Bacteroides ayeke sara si anyama ti yâ ti terê ti zo abuba mingi, ye so alingbi ti sara si kobela ni akiri aga ngangu nga ti sara si anyama ti yâ ti terê ti zo ason (Cornick na amba ti lo, 2015; Desai na amba ti lo, 2016; Penzol na amba ti lo, 2019). Mbeni gingo nda ti ye afa so akete nyama ti koli so a dü ala fini fini so a mû na ala yorö ti Bacteroides fragilis afa na gigi asalango ye ti azo so adabe ti ala na kobela ti spectre ti autisme (ASD) (Carmel et al., 2023), na ambeni gingo nda ti ye nde afa so mara ti Bacteroides alingbi ti gbian kusala ti tele ti zo na ti gue na zo ti wara kobela ti li. ngu 2019). Azo so ayeke na yâ ti anyama so ayeke na yâ ti anyama so ayeke na yâ ti anyama so ayeke na yâ ti asusu so ayeke na yâ ti PPA (Coretti et al., 2018). Ambeni mara ti Ruminococcus ayeke na kamba na akobela tongana kobela ti Crohn na lege ti lekengo a-cytokine so ayeke sara si zo abâ pasi (Henke na amba ti lo, 2019), na ambeni mara ti Prevotella tongana Prevotella human ayeke na kamba na akobela so ayeke sara si terê ti zo ason mingi; ngu 2017). Na pekoni, a bâ so wungo ti aBacteroidetes (so a hinga ni kozoni na iri ti Firmicutes) na aBacteroidetes ayeke mingi pëpe na yâ ti asusu so a mû na ala PPA ahon ti asusu so a mû na ala yorö ndali ti so wungo ti anyama so ayeke na yâ ti ngu ni ayeke mingi. A fa kozoni awe so wungo so ayeke mbeni kota ye so afa so hôméostase ti yâ ti zo ayeke dä, na a yeke wara akpale na yâ ti wungo so na yâ ti akobela nde nde (Turpin na amba ti lo, 2016; Takezawa na amba ti lo, 2021; An na amba ti lo, 2023), so na popo ni a yeke wara akobela ti yâ ti fufu so ayeke sara si zo ason (Stov2.0). Na bungbingo, a bâ so mara ti phylum Bacteroidetes ayeke na ngangu mingi na ndo ti PPA so ayeke na yâ ti kobe. Ye so alingbi ti si ngbanga ti so zo ni ayeke kanga bê mingi na PPA wala lo yeke na ngangu ti sara kua na PPA tongana mbeni ye so ayeke mû ngangu na lo, so a fa so a yeke tâ tënë ndali ti kamême mbeni mara ti nyama oko, Hoylesella enocea (Hitch et al., 2022). Na mbeni lege nde, ziango PPA na yâ ti mama alingbi ti sara si molenge ni amaï nzoni na lege so lo sara si yâ ti amolenge ti ngbo ni aga ngangu mingi na Bacteroidetes; ye oko, lekengo ye ti mandango ye ti e amû lege pëpe ti bâ mara ti ye tongaso.
Azo so abâ ye so ayeke na yâ ti métagénome afa so akota kangbi ayeke na popo ti wungo ti agene so ayeke sara si PPA ayeke sara kua nzoni nga ti sara si PPA abâ gigi, na anyama so ayeke na yâ ti PPA afa so ala yeke na gbâ ti agene so ayeke sara si PPA abâ gigi, me azo so ayeke na yâ ti PPA pëpe afa so ala yeke na gbâ ti agene so ayeke sara si PAA abâ gigi (Fig6). Azo so abâ ni atene so ngangu so PPA ayeke sara na ndo ti akete kete ye so ayeke na yâ ti tere ti zo alingbi ti duti pëpe gi ndali ti so lo sara kua na ni, tongana a yeke tongaso pëpe, a lingbi fade wungo ti agene so ayeke na yâ ti PPA afa so wungo ni ayeke mingi na yâ ti microbiome ti yâ ti asusu so PPA ayeke sara kua na ni. Mbeni nda ti tënë ni ayeke so PPA ayeke sara si asioni nyama aga mingi kozoni kue na lege ti ngangu so lo yeke sara ti tiri na asioni nyama ahon ti tene asioni nyama asara kua na ni tongana mbeni ye so ayeke mû kobe na zo. Azo so asara étude kozo afa so PPA ayeke kanga lege na maïngo ti Salmonella Typhimurium na mbeni lege so ague oko na dose ti yorö ni (Jacobson na amba ti lo, 2018). Ti zia na yâ ti PPA so ayeke mingi alingbi ti soro ti wara a-bactérie so ayeke na ngangu ti tiri na akobela ti lo na so alingbi biani pëpe ti sara si a-antimicrobien ni aga nzoni wala ti sara si a-bactérie ni asigigi. Na tapande, ambeni mara ti Parabacteroides afa so ala yeke mingi mingi na yâ ti a-échantillon ti PPA, me a wara pëpe mbeni gene so andu sarango si PPA abâ gigi wala sarango si a dü ni (Tableau 2, 4, na 5 ti mungo maboko). Na ndo ni, lekengo PPA tongana mbeni ye so ayeke na yâ ti fermentation ayeke kangbi yâ ti akota nyama nde nde (Gonzalez-Garcia na amba ti lo, 2017). Akota mara ti bactérie alingbi ti duti raison so asara si a yeke wara gbâ ti agene so andu sarango kua ti PPA na yâ ti a-échantillon ti bango ndo (Averina et al., 2020). Na ndo ni, a fa kozoni awe so gi agene 27 (2,14%) na popo ti agene 1332 ayeke agene so ayeke gi na lege ti PPA. A-gene mingi so ayeke na yâ ti PPA ayeke sara nga kua na yâ ti ambeni lege ti sarango kua na ni. Ye so afa nga so wungo ti agene so ayeke na yâ ti PPA ayeke lani mingi na yâ ti a-échantillon so a mû ti bâ na ni; agene so alingbi ti sala kusala na alege so ayeke sala pëpe si a sala kusala na PPA wala a leke ni tongana mbeni ye so ayeke si na pekoni. Na yâ ti aye so, gi mbeni gene oko so ague oko na lekengo PPA afa so akota kangbi ayeke na popo ti wungo ti aye na popo ti mara ti a-échantillon. Nde na agene so ayeke na yâ ti PPA, a soro agene so ayeke sara si PPA abâ gigi ndali ti so ala yeke mû mbage gï na yâ ti lege so asioni nyama ayeke sara si PPA abâ gigi. Na yâ ti asusu so a mû na ala PPA, a bâ so mara ti anyama kue so ayeke na yâ ti ngu ni ayeke mingi nga ala yeke na ngangu ti sara PPA. Ye so amû maboko na tënë so a tene so aPPA ayeke soro ande azo so ayeke sara PPA na tongaso a yeke fa so ngangu ti sarango PPA ayeke gue na li ni. Ye oko, wungo ti agene ayeke gue oko pëpe na fango na gigi agene; tongaso, atâa so wungo ti agene so ayeke na yâ ti PPA ayeke mingi na yâ ti a-échantillon ti bango ndo, wungo ti atënë so a fa alingbi ti duti nde (Shi et al., 2014). Ti fa so kamba ayeke na popo ti wungo ti agene so ayeke sara si PPA abâ gigi nga na sarango si PPA abâ gigi, a hunda ti sara ambeni étude na ndo ti fango peko ti agene so ayeke sara si PPA abâ gigi.
Annotation ti kusala ti PPA na ti métagénome ti bango ndo afa ambeni ye so ayeke nde. PCA analyse ti gene so ayeke na yâ ni afa so agroupe so ayeke nde ayeke na popo ti PPA na a-échantillon ti bango ndo (Foto 5). Abungbingo ye na yâ ti a-échantillon afa so wungo ti agene so ayeke na yâ ti a-échantillon ni ayeke nde nde mingi, na ngoi so a-échantillon ti PPA abungbi ndo oko. A lingbi ti haka bungbingo ye na lege ti agene na bungbingo ye na lege ti mara ti aye nde nde. Tongaso, kangbi so ayeke na popo ti wungo ti alege ti tambela ague oko na achangement so ayeke si na yâ ti wungo ti ambeni mbilimbili mara ti nyama nga na akete mara so ayeke na yâ ti ala. Na yâ ti a-échantillon ti PPA, alege use so ayeke na gbâ ti aye so ayeke na yâ ti aminosucre/nucléotide (ko:K21279) nga na alege ti lipidi mingi (ko:K00647, ko:K03801; Tableau 3 ti mungo maboko). A-gene so abungbi na ko:K21279 ahinga so abungbi na mara ti Bacteroides, mbeni oko ti mara so ayeke na wungo ti akete mara so ayeke kota mingi na yâ ti a-échantillon ti PPA. Enzyme so alingbi ti kpe ti tene a-immune ti zo asara kua nzoni na lege so lo yeke fa na gigi a-polysaccharide so ayeke na yâ ti capsule (Wang et al., 2008). Ye so alingbi ti fa ngbanga ti nyen wungo ti Bacteroidetes so a bâ na yâ ti asusu so a mû na ala PPA ague na li ni mingi. Ye so ayeke mû maboko na akota acide gras so a bâ na yâ ti microbiome ti PPA. A-bactérie ayeke sara kua na lege ti FASIIko:K00647 (fabB) ti sara na a-acide gras, so alingbi ti sara ngangu na ndo ti lege ti sarango ye ti azo so ayamba ala (Yao na Rock, 2015; Johnson na amba ti lo, 2020), nga achangement so ayeke si na yâ ti lipidi alingbi ti sara si li ti zo akiri aga nzoni (Yu20 na amba ti lo, 20). Mbeni lege nde so afa so wungo ti aye so ayeke na yâ ti a-échantillon ti PPA ague na li ni ayeke biosynthèse ti a-hormone ti stéroïde (ko:K12343). A yeke wara gbâ ti aye so afa so mbeni songo so ayeke nde ayeke na popo ti ngangu ti microbiota ti yâ ti zo ti sara ngangu na ndo ti akota hormone nga na ti tene a-hormone asara ngangu na ndo ti ala, tongaso si wungo ti stéroïde so akono alingbi ti sara si zo awara kpale ti seni (Tetel et al., 2018).
Mandango ye so ayeke pëpe sân akatikati nga na aye so a lingbi a gbu li dä. Mbeni kota kangbi ayeke so a sala pëpe a-étude ti physiologique ti anyama ni. Tongaso, a yeke ngangu pëpe ti tene droit so achangement so ayeke si na yâ ti microbiome ni ayeke sara si mbeni kobela ayeke si. Mbeni ye nde so a lingbi ti bâ ni ayeke so a mû na asusu so ayeke na yâ ti étude so kobe so a mû na amama ti ala. Ambeni gingo nda ti ye so ayeke ga alingbi ti fa wala ti zia lege ti kobe so ayeke na PPA mingi ti te kobe so ayeke na PPA pëpe ayeke sala si ngangu ti lo aga nzoni ahon na ndo ti microbiome. Mbeni ye so akanga lege na mandango ye ti e, legeoko tongana ambeni ye mingi, ayeke so wungo ti azo so a mû ala ti mû échantillon ayeke mingi pëpe. Atâa so a lingbi ti wara anzoni tënë na nda ni, mbeni kota wungo ti azo ayeke mû ande ngangu ti dikongo wungo ti azo mingi na ngoi so a yeke gi nda ti aye so asi. A yeke nga na lege ni ti tene e mû atënë ti nda ni na ndo ti mbeni kamba so ayeke na popo ti achangement so ayeke si na yâ ti microbiome ti yâ ti zo nga na kobela kue (Yap et al., 2021). Aye so ayeke sara si zo agirisa lege, so na popo ni a yeke wara ngu ti lo, koli wala wali ti lo nga na kobe so lo yeke te alingbi ti sara ngangu mingi na ndo ti aye so ayeke na yâ ti tere ti zo. Azo so alingbi ti fa nda ti atënë so ague oko pëpe so a bâ na yâ ti ambeti so asara tënë na ndo ti songo so ayeke na popo ti microbiome ti yâ ti zo na akobela so ayeke ngangu (Johnson na amba ti lo, 2019; Lagod na Naser, 2023). Na tapande, a fa so amembre ti mara ti Bacteroidetes ayeke gue na li ni wala ayeke kiri na peko na yâ ti anyama nga na azo so ayeke na kobela ti ASD (Angelis na amba ti lo, 2013; Kushak na amba ti lo, 2017). Legeoko nga, a-étude so a sara na ndo ti aye so ayeke na yâ ti fufu ti azo so ayeke na kobela ti fufu afa so wungo ti azo so ayeke na yâ ti oko taxa ni ayeke gue na li ni nga ayeke kiri na gbe ni (Walters na amba ti lo, 2014; Forbes na amba ti lo, 2018; Upadhyay na amba ti lo, 2023). Ti kanga lege na ngangu ti kangbingo popo ti akoli na awali, e tara ti tene akoli na awali aduti legeoko tongaso si kangbi ayeke mingi ni na lege ti kobe. Mbeni kpale ti annotation so ayeke sala kusala ayeke ti zi na yâ ti molongo ti agene so ayeke redondant. Kode ti bungbingo agene ti e ahunda ti tene a hinga 95% ti molongo ti aye ni nga na 85% ti yongo ti ala so ayeke legeoko, nga na 90% ti alignement so a kanga ni ti zi bungbingo ti atënë ti wataka. Me, na yâ ti ambeni ye, a bâ aCOG so ayeke na a-oko annotation (na tapande, MUT) (Fig. 6). A hunda ti tene a kiri a gi nda ti ye mingi ti hinga wala a-orthologue so ayeke nde, a yeke na kamba na ambeni mbilimbili mara, wala so ayeke mbeni ye so akanga lege na kode ti bungbingo agene. Mbeni ye nde so akanga lege na annotation ti kusala ayeke so a lingbi ti sala si a kangbi yâ ti atënë ni na lege ni pëpe; gene ti bactérie mmdA ayeke mbeni enzyme so a hinga ni nzoni so ayeke mû mbage na yâ ti lekengo propionate, me KEGG abungbi ni pëpe na lege ti sarango ye ti propionate. Nde na so, a-orthologue ti scpB na ti mmcD ayeke na kamba. Kota wungo ti agene so ayeke na a-knockout so a fa ni pëpe alingbi ti sala si a lingbi pëpe ti hinga agene so andu PPA na ngoi so a yeke bâ wungo ti agene. Azo so ayeke manda ye na yâ ti angoi so ayeke ga ayeke wara ande ye ti nzoni na lege ti gingo nda ti ye na lege ti métatranscriptome, so alingbi ti mû lege ti hinga ye nzoni mingi na ndo ti kusala ti microbiota ti yâ ti zo nga ti tingbi sarango ye ti agene na aye so alingbi ti si na pekoni. Ti a-étude so andu ambeni mbilimbili kpale ti developpement ti li wala akobela so ayeke sara si yâ ti zo ason, a hunda ti bâ lege ti tere ti anyama nga na asarango ye ti ala ti hinga wala achangement so ayeke si na yâ ti microbiome ti ala ayeke na popo ti akobela so. Ambeni gingo nda ti ye nde so a zia microbiome ti yâ ti zo na yâ ti asusu so ayeke na asioni nyama pëpe ayeke duti nga nzoni ti hinga wala microbiome ni ayeke mbeni ye so ayeke pusu zo ti wara kobela wala mbeni ye so ayeke sara si lo wara kobela.
Na nduru tënë, a fa so PPA so ayeke na yâ ti kobe ayeke sara kua tongana mbeni ye so ayeke changé yâ ti microbiota ti yâ ti zo. PPA ayeke mbeni ye so FDA ayeda na ni, so a yeke wara ni mingi na yâ ti akobe nde nde so, tongana a zia ni na yâ ti akobe ni aninga, alingbi ti sara si anyama so ayeke na yâ ti fufu ti zo abuba. A wara achangement na yâ ti wungo ti gbâ ti asioni nyama, so afa so PPA alingbi ti sara ngangu na ndo ti aye so ayeke na yâ ti microbiota ti yâ ti zo. Achangement so ayeke na yâ ti microbiota alingbi ti sara si ambeni ye so ayeke sara si terê ti zo achangé, ye so alingbi ti sara si terê ti zo achangé so ayeke nzoni ndali ti seni ti zo so ayamba lo. A hunda ti tene a kiri a gi nda ti ye mingi ti hinga wala ngangu so PPA so ayeke na yâ ti kobe ayeke sara na ndo ti akete kete ye so ayeke na yâ ti tere ti zo alingbi ti sara si zo awara dysbiose wala ambeni kobela nde. Ye so e manda so azia na sese gere ti ambeni ye so e yeke manda ande na yâ ti angoi so ayeke ga na ndo ti lege so PPA ayeke sara ngangu na ndo ti aye so ayeke na yâ ti zo alingbi ti sara ngangu na ndo ti seni ti zo.
Asango so a fa na yâ ti étude so ayeke na yâ ti ando ti batango asango na ndö ti Internet. Iri ti ndo ti batango ye ni nga na numéro ti lingo na yâ ni ayeke: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, PRJNA1092431.
A yeke Komite ti batango anyama ti kota da-mbeti ti Floride ti Mbongo (UCF-IACUC) (Numéro ti mbeti ti mungo lege na azo ti sala kusala na anyama: PROTO202000002) si ayeda na mandango ye na ndo anyama so. Mandango ye so ague oko na andia ti kodoro ni, awango-tene nga na aye so ndokua ni ahunda.
NG: Conceptualisation, Curation des données, Analyse formelle, Enquête, Méthode, Logiciel, Visualisation, Sungo mbeti (projet original), Sungo mbeti (revue & édition). LA: Conceptualisation, Curation des données, Méthode, A-ressources, Mbeti ti sungo mbeti (revue & édition). SH: Analyse formelle, Logiciel, Mbeti (revue & édition). SA: Gingo nda ti ye, Sungo mbeti (kiringo na ndo ni & lekengo ni). Kota juge: Gingo nda ti ye, Mbeti (kiringo na ndo ni & lekengo ni). SN: Conceptualisation, Fango lege na kusala, Aye ti mungo maboko, Bango ndo, Sungo mbeti (kiringo na ndo ni & lekengo ni). TA: Conceptualisation, Fango lege na kusala, bango ndo, Sungo mbeti (kiringo na ndo ni & lekengo ni).
Azo so asû mbeti ni atene so ala wara pëpe mungo maboko ti nginza ti sara na recherche, ti sû mbeti ni nga na/wala ti sigigi na article so.
Azo so asû mbeti ni atene so a sara recherche ni na yâ ti mbeni songo ti dengo buze wala ti nginza so a lingbi ti bâ ni tongana mbeni ye so alingbi ti sara si azo awara kpale. a lingbi ti sala kusala na ni pëpe.
Apensé kue so a fa na yâ ti article so ayeke gi ti azo so asû ni, na a yeke pëpe bango ndo ti andokua ti ala, ti azo so asigigi na ambeti ni, ti azo so ayeke leke ni wala ti azo so ayeke bâ yâ ti ambeti ni. Aye kue so a bâ ni na yâ ti article so, wala atënë kue so azo so asara ni atene, a yeke pëpe mbeni ye so zo so asigigi na ni afa wala lo yeda na ni.
A lingbi ti wara ambeni ye nde ti sara na article so na ndö ti Internet: https://www.
Abdelli LS, Samsam A, Nasser SA (2019). Acide propionique ayeke sara si gliose nga na a-inflammation ti li abâ gigi na lege so lo yeke leke lege ti PTEN/AKT na yâ ti akobela ti spectre ti autisme. Atondo ti senda-ye 9, 8824–8824. Doi: 10.1038/s41598-019-45348-z
Azo ti kodoro ni (1982). Analyse ti statistique ti asango ti composition. JR Stat Soc Ser B Méthodo. 44, lembeti 139 ti si na 160. doi: 10.1111/j.2517-6161.1982.tb01195.x
Ahn J, Kwon H, Kim YJ (2023). Firmicutes/Bactéroïdes ayeke mbeni ye so ayeke sara si zo awara cancer ti mama. Mbeti-sango ti Médecine Clinique, 12, 2216. doi: 10.3390/jcm12062216
Anders S., Huber W. (2010). Différentiel ti fango tënë ti séquence ti wungo ti asango. Nat Avant. 1-1, 1-10. doi: 10.1038/pré.2010.4282.1
Angelis, MD, Piccolo, M., Vannini, L., Siragusa, S., Giacomo, AD, Serrazanetti, D.I., na ambeni zo nde. (2013). Microbiota ti fufu nga na métabolisme ti amolenge so ayeke na kobela ti autisme nga na kobela ti developpement so amû ndo kue so a fa ni na mbeni lege nde pëpe. PloS Oko 8, e76993. doi: 10.1371/mbeti-sango.pone.0076993
Averina OV, Kovtun AS, Polyakova SI, Savilova AM, Rébrikov DV, Danilenko VN (2020). A yeke wara na yâ ti a-intestin ni akete molenge so ayeke na kobela ti autisme. Mbeti-sango ti senda-ye ti kaïngo kobela 69, 558-571. doi: 10.1099/jmm.0.001178
Baquero F., Nombela K. (2012). Microbiome ni ayeke mbeni mbage ti tere ti zo. Microbiologie ti kobela na kobela 18, 2–4. doi: 10.1111/j.1469-0691.2012.03916.x
Baur T., Durre P. (2023). Afini ye so a hinga na ndo ti lege so anyama so ayeke sara si acide propionique ayeke sara kua: Anaérotignum propionique na Anaérotignum néopropionique (so a iri ni kozo Clostridium propionique na Clostridium néopropionique). Akete nyama 11, 685. doi: 10.3390/akete nyama11030685
Bazer F. W., Spencer T. E., Wu G., Cudd Ta. A., Meininger S. J. (2004). Kobe ti mama nga na maïngo ti molenge ni. J Nutr. 134, lembeti 2169 ti si na 2172. doi: 10.1093/Jn/134.9.2169
Benjamini, Y., na Hochberg, J. (1995). Ti kanga lege na wungo ti azo so ayeke na kobela ti wataka: Mbeni kode so ayeke nzoni nga so ayeke nzoni ti sara na a-épreuve mingi. JR Stat Soc Ser B Méthodo. 57, lembeti 289 ti si na 300. doi: 10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x